A gélelektroforézist vízszintes vagy függőleges helyzetben is lehet végezni. A függőleges gélek általában akrilamid mátrixból állnak. Ezeknek a géleknek a pórusmérete a kémiai komponensek koncentrációjától függ: az agarózgél pórusai (100-500 nm átmérőjű) nagyobbak és kevésbé egyenletesek, mint az akrilamid gélpórusoké (10-200 nm átmérőjű). Összehasonlításképpen a DNS- és RNS-molekulák nagyobbak, mint egy lineáris fehérjeszál, amelyek gyakran denaturálódnak a folyamat előtt vagy közben, így könnyebben elemezhetők. Így a fehérjéket akrilamid gélen futtatják (függőlegesen). A DYCZ – 24DN egy mini kettős vertikális elektroforézis, amely SDS-PAGE és natív PAGE esetén alkalmazható. A speciális kialakítású gélöntő készülékünkkel eredeti pozícióba önt zseléket.
