Az elektroforézis rendszer két fő összetevőből áll: egy tápegységből és egy elektroforézis kamrából. A tápegység szolgáltatja az áramot.A "hatalom" ebben az esetben az elektromosság.A tápegységből származó elektromosság az egyik irányban az elektroforéziskamra egyik végéből a másikba áramlik.A kamra katódja és anódja vonzza az ellentétes töltésű részecskéket.
Az elektroforézis kamrában van egy tálca – pontosabban egy öntőtálca.Az öntőtálca a következő részekből áll: üveglap, amely az öntőtálca aljába kerül.A gélt az öntőtálcában tartják.A "fésű" úgy néz ki, mint a neve. A fésűt az öntőtálca oldalán lévő nyílásokba helyezik. A forró, megolvadt zselé felöntése ELŐTT a nyílásokba helyezik.A gél megszilárdulása után a fésűt kivesszük.A fésű "fogai" kis lyukakat hagynak a gélben, amelyeket "kutaknak" nevezünk.A kutak akkor keletkeznek, amikor a forró, megolvadt gél megszilárdul a fésű fogai körül.A fésűt a gél lehűlése után húzzuk ki, így lyukak maradnak.A kutak helyet biztosítanak a tesztelni kívánt részecskék elhelyezésére.Egy személynek nagyon óvatosnak kell lennie, nehogy megzavarja a gélt a részecskék betöltésekor.A gél megrepedése vagy eltörése valószínűleg befolyásolja az eredményeket.