Az elektroforézis rendszer két fő összetevőből áll: egy tápegységből és egy elektroforézis kamrából. A tápegység szolgáltatja az áramot. A "hatalom" ebben az esetben az elektromosság. A tápegységből származó elektromosság az egyik irányban az elektroforéziskamra egyik végéből a másikba áramlik. A kamra katódja és anódja vonzza az ellentétes töltésű részecskéket.
Az elektroforézis kamrában van egy tálca – pontosabban egy öntőtálca. Az öntőtálca a következő részekből áll: üveglap, amely az öntőtálca aljába kerül. A gélt az öntőtálcában tartják. A "fésű" úgy néz ki, mint a neve. A fésűt az öntőtálca oldalán lévő nyílásokba kell helyezni. A forró, megolvadt zselé felöntése ELŐTT a nyílásokba helyezik. A gél megszilárdulása után a fésűt kivesszük. A fésű "fogai" kis lyukakat hagynak a gélben, amelyeket "kutaknak" nevezünk. A kutak akkor keletkeznek, amikor a forró, megolvadt gél megszilárdul a fésű fogai körül. A fésűt a gél lehűlése után húzzuk ki, így lyukak maradnak. A kutak helyet biztosítanak a tesztelni kívánt részecskék elhelyezésére. Egy személynek nagyon óvatosnak kell lennie, nehogy megzavarja a gélt a részecskék betöltésekor. A gél megrepedése vagy törése valószínűleg befolyásolja az eredményeket.